FPGAの応用例、バイオIT企業Edico GenomeとDell EMCが丸一日かかるゲノム解析を22分に短縮

バイオIT企業Edico Genomeがゲノム解析の専用パイプラインをFPGAに実装し、大幅な時間の短縮に成功

FPGAソリューションのお手本とも言うべき応用例がバイオIT企業Edico Genome及びDellから発表されました。彼らはゲノム解析用の専用パイプラインをFPGAに実装し、丸一日かかっていたゲノム解析を22分に縮めたそうです。

Dell EMCの持つストレージ技術が応用されたサーバーには、Edico Genomeの設計したDRAGENプロセッサが書き込まれたFPGAが使用されています。専用パイプラインを実装することで、特定の計算を大幅にスピードアップするというこのソリューションは、FPGAのHPCへの応用として、お手本のような例だと言えるでしょう。スループットの大幅な改善にはDellの持つストレージ技術も大きな役割を果たしたようです。

このシステムのアプリケーションには、がん患者や新生児の迅速な診断が出来るアプリケーションや、薬学研究者の研究を補助するアプリケーションが含まれているようです。

医学、薬学研究の場で注目が高まるゲノム解析とバイオインフォマティクス

ゲノム解析は、実質的にDNAの巨大なデータベースを解析するビッグデータ解析だそうでHPCが応用される分野のようです。

ゲノムの解析が進めば、遺伝子に関わる多くの病気に対しての人類の知見が深まるとされています。特にガン治療の研究にはゲノム解析は有効だとされており、応用が期待されています。ゲノム解析は、医学、薬学研究の場でとてもホットな話題です。

関連記事

AWSがFPGAを採用する新インスタンスプラン「F1」を発表、クラウドコンピューティングはインフラとなりつつある

ソース

https://www.hpcwire.com/2017/01/06/fpga-based-genome-processor-bundles-storage

One comment

Add a Comment

メールアドレスの入力は任意です。(公開されることはありません)